当王仙芝、黄巢进攻蕲州（今湖北蕲春）时，该州刺史裴偓诱降义军领袖，请唐廷授任王仙芝为左神策军押牙兼监察御史。

王仙芝思想有了动摇，欲放弃斗争，接受唐的官职。

黄巢大怒，斥责王仙芝说：&ldo;始者共立大誓，横行天下，今独取官赴左军，使此五千余众安所归乎！

&rdo;这时群情激愤，责骂不已，怒不可遏的黄巢出拳把王仙芝打得头破血流。

在这场冲突之后，黄巢率领2000人马向北进发，与王仙芝分道扬镳了。

乾符五年（878年）三月，黄巢率军进攻汴、宋二州，唐廷以张自勉充东南面行营招讨使，以阻止义军。

黄巢转攻卫南（今河南滑县东北）、叶（河南叶县）、阳翟（河南禹县），唐廷又诏命河阳兵千人开赴东都，与宣武、昭义兵守卫宫阙，还征调义成兵3000人守卫东都附近的伊阙、武牢等地，以增强东都的防御力量。

黄巢见河南一带官军势力强大，难以取胜，而江南则力量相对薄弱；而王仙芝旧将王重隐又攻陷了洪州（今江西南昌），转战于湖南；于是便率军渡江南下，与王重隐部相呼应，接连攻下了虔、吉、饶、信等州。

八月，黄巢军进攻宣州，在南陵为官军所败，于是又进入浙东，经婺州至衢州，然后披荆斩棘，开山路700里，攻入福建。

同年十二月，义军攻下了福州。

在农民军中曾有&ldo;逢儒则肉，师必覆&rdo;的传说，其意是遇到儒者则杀，军队必然要覆灭。

大概是黄巢屡试进士不第，对儒者颇为同情，因此当农民军进入福建后烧官府、杀官吏，但凡自称为儒者的皆释而不问。

当义军经过崇文馆校书郎黄璞门前时即下令说：&ldo;此儒者，灭炬弗焚。

&rdo;

乾符六年（879年）正月，黄巢军遭藩帅高骈部将张璘、梁缵的袭击，一再失利，遂进入广南，包围了广州。

在此期间，黄巢曾致书浙东观察使崔璆、岭南东道节度使李迢，求为天平节度使。

二人惧怕黄巢威势，极力申奏，但朝廷不许；黄巢自己上书，求为广州节度使，却只授予率府率。

黄巢恼怒，大骂执政，便急攻广州，遂于九月占领了岭南的这个重镇，杀节度使李迢，并进而攻占岭南一些州县。

黄巢在广州自称&ldo;义军都统&rdo;，并发布檄文，斥责朝廷&ldo;宦竖柄朝，垢蠹纪纲，指诸臣与中人赂遗交构状，铨贡失才&rdo;，提出&ldo;禁刺史殖财产，县令犯赃者族&rdo;。

檄文所说，史称&ldo;皆当时极敝&rdo;。

黄巢军已转战各地多年，这次占领广州，&ldo;欲据南海之地，永为巢穴&rdo;，作为反抗唐朝统治的根据地。

但在这一年，从春至夏，疫病大为流行，不少义军将士染上了疫病，&ldo;死者十三四&rdo;，部下又多&ldo;劝请北归，以图大利&rdo;。