第100部队以家畜和植物为主要研究对象，同时还研究畜类病菌对人类的杀伤能力。

因此，这里集中了大批细菌学、化学、生物学和兽医专家。

他们为了寻求运用毒菌大规模杀害人畜的方法，进行了烈性病菌和毒药的研究和制造，并使用牲畜、植物和活人进行病菌的传染实验。

本部下设总务部和四个细菌生产研究部门，1940年以后，在大连、海拉尔（后迁至克山）、佳木斯、拉古（位于牡丹江市附近）等地建立了支队。

苏德战争爆发不久，又在四平设立支队，同时在关东军所属部队中均设立了兽医部队，分驻克山、东安、鸡宁、东宁、四平等地区，配合100部队的细菌战活动。

总务部下设两个分部。

负责整个部队的总务、后勤、医疗、卫生等工作，另外还下辖一处种植实验场。

第1部该部是实战研究部门，下设若干分部。

通过细菌和病毒的实验，确立鼻疽、炭疽、传染性贫血以及植物病毒的效能和传染途径。

该部每年都要多次进行病毒、细菌的毒性实验。

第2部是该部队的主要部门，主要负责各种细菌、病毒的研究和制造。

该部有20名军官，30名研究员，50名技术员。

1943年前设五个分部。

一是细菌分部，编有20人，由研究员西田和实验员山口负责，从事炭疽菌、鼻疽菌的研究工作。

还有一批人由高秋大尉领导，研制牛瘟病毒和羊瘟病毒；二是病理分部；三是实验动物管理分部；四是有机化学分部；五是植物学分部，研究细菌毒害或传染植物的方法。

1943年以后，由于战局的发展越来越对日军不利，若松部队长多次说过&ldo;一旦同苏联开战，第100部队应当成为大量生产各种细菌和烈性毒药的工厂，以便进行通过破坏性的细菌战去反对苏联&rdo;。

在这一方针的指导下，他们决定加强细菌的研究与生产，增设第6分部。

该分部的任务是大量增殖细菌和在地下特种仓库中保存这种细菌。

当时计划在进行部分必要的设备更新、人员补充之后，在1年内生产1吨炭疽菌、500公斤鼻疽菌和100公斤锈菌。

但设备安装计划未能完成，经过4个多月的生产，只生产出200公斤炭疽菌、100公斤鼻疽菌和30公斤锈菌。

生产出的细菌和烈性毒药都严密地保存在铁盒内，放进附设的仓库里贮藏。

100部队生产的毒品多为剧毒，如他们提炼成高纯度结晶体的名为&ldo;杆菌&rdo;的毒素，能够破坏动植物，使土壤、牧场、饲料长期中毒。

将它研成粉末稀释后注射到小动物身上，小动物就会立即因肠组织坏死而死亡。

第3部负责制造血清疫苗。

第4部负责饲养动物。

第5部是教育部，又称531部队。