1925年5月1日，日军决定负责化学武器研究的科学研究所第2处升格为&ldo;部&rdo;，称为第3部。

包括20名高级官员在内，人员编制约100名，其编制情况下：部长陆军少将调查班：日常事务及各班研究的协调管理，有关调查业务及毒气的平时用途和有关化学战气象业务、有关对毒气的耐久保存金属材料调研业务。

防护班：有关毒气防护的一切业务。

整备班：有关化学武器合成及制造业务。

运用班：有关化学战剂的武器化、效能试验及发烟业务。

卫生班：有关毒气毒性及毒性指数和中毒治疗业务。

各班分别由高等官（军官、技师）、委任官（军士、技术员）、雇员及工人组成，高等官（各班分别有数名）作为主任研究官从事其分担的研究业务。

当时第3研究部的研究经费每年约为15万日元。

这一编成自1925年直以战争结束的21年时间里，几乎未发生任何变化，各个领域的研究得以一贯地进行。

伊伯尔化学战爆发10年后，即第一次世界大战结束6年后，日本军部野心勃勃的化学战的正式研究终于起步。

1924年4月，久村种树中佐在视察了美国化学战设施之后，说服了军部，又为科学研究所争取了化学武器研究设备费120万日元和每年研究经费30余万日元。

用这笔预算建造了两栋研究室（共计600平方米）和配套设施，使约40间实验室、20间小工厂及试验用爆炸井等得以交付使用。

至1925年初，该部研究人员已达150名，共计实施了十余次野外实验，研究完成的成果逐渐进入制式化生产阶段。

毒气研究委员会1926年，化学武器的正式研究开始后不久，日军参谋本部设立了&ldo;毒气研究委员会&rdo;，研究陆军对化学战的一般构想，讨论了自1927年开始实施的化学战教育（在科学研究所）和化学武器的制造设施等问题。

该委员会的工作大体于1927年结束，之后的工作则交由成立于1929年的&ldo;化学战研究会&rdo;继续进行。

化学战研究会1929年6月21日，日军参谋本部组织了以参谋次长为委员长的化学战研究会。

这一研究会除陆军省、参谋本部、教育总监部外，还有科学研究所及军医学校的代表，由23名委员、24名干事组成，主要研究化学武器的使用及防护方法、平时与战时的装备及设施等。

另外，还包括创立化学战的训练和研究机构（陆军习志野学校）。

该研究会于1930年2月5日结束研究并向参谋总长提交报告。

参谋总长铃木庄六大将于2月18日将报告书转给陆军大臣宇垣一成大将。

日军科学研究所第3部成立以来，化学武器的研究进展加快。